En la etapa de puesta en marcha se ejecutan los programas y actividades encaminados a lograr los objetivos estratégicos (resultados) y los productos clave (grupos de productos). Persigue, en última instancia, materializar la filosofía de la estrategia.
El documento de la ENDE, que incluye los marcos estratégico y de resultados y el plan de acción, se difunde entre todas las partes interesadas pertinentes, incluidos los grupos sectoriales o temáticos. Los ministerios u organismos se encargan de movilizar recursos y poner en marcha los planes de acción. La aplicación y, sobre todo, los resultados serán objeto de un seguimiento regular, cuyo fin es fundamentar los cambios o actualizaciones en la estrategia, las prioridades, las medidas o las aportaciones que puedan resultar necesarios.